Bezpieczeństwo ryb i ich przetworów zależy od czynników chorobotwórczych znajdujących się w ekosystemie wodnym, zanieczyszczeń wybrzeża (ścieki przemysłowe i bytowe) oraz praktyki higienicznej w procesach technologicznych począwszy od odłowu, aż do dystrybucji. Ostatnim ogniwem jest konsument, który stosując odpowiedni schemat postępowania jest w stanie zminimalizować ryzyko zakażeń.
Do podstawowych czynności obróbki wstępnej ryb należy: zabicie, oczyszczenie z łusek, patroszenie i przygotowanie półproduktów (odfiletowanie, porcjowanie). Jeśli chcemy uzyskać filety bez skóry, usuwanie łusek nie jest potrzebne. W zależności od celu kulinarnego rybę można patroszyć dwoma sposobami. Pierwszy z nich to przecięcie brzucha ryby od odbytu do gardzieli i usunięcie wnętrzności w taki sposób, by nie naruszyć woreczka żółciowego. Drugi polega na przecięciu zakończenia jelita (przy odbycie), przecięciu mięśni i kręgosłupa wokół głowy przy skrzelach (bez naruszania tchawicy i przełyku) i oderwaniu głowy od tułowia. Głowa powinna odejść razem z wnętrznościami. Po wypatroszeniu należy rybę umyć w zimnej wodzie, najlepiej bieżącej. W żadnym wypadku nie należy ryby moczyć. Następnie można przystąpić do filetowania i zdejmowania skóry z ryby. Zdejmowanie skóry należy rozpoczynać od ogona, podcinając mięśnie, a dalej trzymając ręką za skórę oddzielić ją od mięsa. Ryba nie powinna być oskrobana, ponieważ skóra pozbawiona łusek jest słabsza i łatwo przerywa się przy oddzielaniu jej od mięśni.
Czynność patroszenia powinna zawsze poprzedzać zdejmowanie skóry z ryb. W przeciwnym razie można doprowadzić do zakażenia mięsa pasożytami, drobnoustrojami i enzymami pochodzącymi z wnętrzności ryb.
Ryby są pośrednimi żywicielami ogromnej liczby gatunków drobnych zwierząt pasożytujących. Pasożyty umiejscawiają się głównie w organach wewnętrznych oraz na skórze, a bardzo rzadko w mięśniach. Najczęściej występującymi pasożytami zewnętrznymi są widłonogi i przywry, a wewnętrznymi nicienie i pierwotniaki. Dla człowieka niebezpieczne są widłonogi z gatunku Sphyrion lumpi, przywry z gatunków: Opisthorchis felineus, Opisthorchis sinensis, Peudamphistomus truncatum, Echinochasmus perfoliatus, nicienie: Terranova sp. i Anisakis simplexoraz pierwotniaki rzędów Myxosporidia i Microsporidia. Nieumiejętnie przeprowadzona obróbka wstępna ryb stwarza ryzyko przeniesienia pasożytów z narządów wewnętrznych do mięsa. Bakterie chorobotwórcze przenoszone przez ryby to przede wszystkim rodzaje: Vibrio, Pseudomonas, Aeromonas i Listeria. Głównym źródłem tych mikroorganizmów są organy wewnętrzne a zwłaszcza przewód pokarmowy ryb. Patroszenie ryb przed przystąpieniem do zdejmowania skóry pozwala uniknąć mikrobiologicznych zakażeń mięsa.
Przyczyną szybszego psucia się ryb jest działalność enzymatyczna w mięsie tych zwierząt. Enzymy trawienne przenikają do mięśni ryby natychmiast po jej śmierci. Zmiany proteolityczne przejawiają się między innymi osłabieniem struktury miofibryli (włókienek kurczliwych w tkance mięśniowej). Drobne ryby poławiane w okresie intensywnego żerowania bardzo szybko po złowieniu tracą cechy pierwszorzędnej jakości wskutek popękania mięśni i skóry brzucha. Przyczyną uszkodzeń niepatroszonych ryb są proteolityczne zmiany wywołane enzymami wątroby, nerek i wyrostków pylorycznych przewodu pokarmowego. Usunięcie tych narządów zaraz po wyłowieniu ryby znacznie przedłuża jej świeżość.
